神戸大学大学院医学研究科内科系講座小児科学分野こども急性疾患学部門は、神戸市の寄附講座として、神戸市・神戸市医師会・神戸大学の3者の間で調印された「神戸市のこどもの生命と健康を守る協働事業推進に係る基本合意」の一環として、平成21年10月16日に設置されました。
　本部門のミッションは、大学において先進医療で培ってきた最先端の知識・技能を第一線の小児医療の現場で展開し、先進的な小児急性疾患医療の教育・研究・診療を実践する、そして、その成果を地域医療に還元し、さらに新たな知見を全国に発信することにより、全国においてその崩壊が問題になっている小児救急医療の推進に寄与することにあります。平成22年12月に、HAT神戸に神戸こども初期急病センターが開設され、そこにこども急性疾患学部門の研究所が併設されています。急性疾患診療の現場と大学で培ってきた研究・診療のノウハウを融合することにより、このような小児急性疾患に対する科学的な検討を行っています。平成31年4月1日から、この部門はこども急性疾患学部門小児急性疾患学領域と名称が変更されました。
　

　平成３１年4月1日よりこども急性疾患学部門に新しく小児統合健康学領域が設置されました。児童虐待の予防、発達障害の早期支援、乳幼児健診の疾病スクリーニング精度等子どもの健康・発達・福祉・権利擁護に関する多専門領域の知見を統合し、体系的な疫学調査・研究を行うことを目的としています。近年児童虐待は大きな社会的問題となっています。小児統合健康学領域はこども総合療育学部門と一体的に運用され、発達障害、児童虐待に関する科学的研究を行なっています。、またその分野に明るい若手医師を育成していきます。さらに、医学生や若手医師に対する小児救急医療の研修を進め、将来の小児救急医療を担う人材の育成を行っています。　

　こども急性疾患学の２部門では小児初期救急医療、児童虐待、発達障害臨床の教育・研究・診療、を通じて、地域のそして日本のこども達の健康増進に貢献します。