感染症センターは、基礎研究部門に８グループ、臨床研究部門に３グループの計１１グループで構成し、予防薬、診断薬、治療薬の開発や診療システムの整備、人材育成を目指します。WHO神戸センターや兵庫県立健康生活科学研究所健康科学研究センター、神戸市環境保健研究所とも協力し、感染症対策の新たな県内拠点となります。 　 感染症センターでは、これまでの共同研究結果をさらに応用し、新薬開発や診断試薬の開発・改良などに取り組みます。あわせて、院内感染や都市の安全まで視野に入れ、総合的に対応していきたいと考えています。 基幹分野として、微生物学・感染病理学・臨床ウイルス学・人獣共通感染症学・感染制御学を、兼務分野として、ワクチン学、細菌学、原虫・寄生虫学、感染治療学、感染症フィールド学、感染免疫学を研究しています。